インボイス経過措置80%は9月30日まで｜10月からの70%に備える確認事項

インボイス制度の経過措置とは、適格請求書発行事業者以外（免税事業者など）からの課税仕入れについて、仕入税額相当額の一定割合を控除できる特例です。この割合が令和8年（2026年）9月30日をもって80%が終了し、10月1日からは70%になります。残り1か月を切りました。免税事業者との取引がある事業者が9月中に済ませておきたい確認事項を整理します。

控除割合は4段階で縮小する

経過措置は一度に終わるのではなく、段階的に縮小します。国税庁が公表している区分は次のとおりです（28年改正法附則52・53）。

期間	控除できる割合
令和5年10月1日〜令和8年9月30日	仕入税額相当額の80%
令和8年10月1日〜令和10年9月30日	仕入税額相当額の70%
令和10年10月1日〜令和12年9月30日	仕入税額相当額の50%
令和12年10月1日〜令和13年9月30日	仕入税額相当額の30%
令和13年10月1日以後	控除なし（経過措置終了）

判定は「課税仕入れを行った日」で行います。事業年度の途中であっても、10月1日を境に取扱いが変わる点にご注意ください。9月中の仕入れは80%、10月以後は70%です。

自社への影響額を試算する

影響は、免税事業者からの課税仕入れの規模に比例します。免税事業者からの仕入れが年間1,100万円（うち消費税相当100万円）ある場合を例にすると、次のようになります。

• 9月30日まで：100万円 × 80% ＝ 80万円が控除可能
• 10月1日以後：100万円 × 70% ＝ 70万円が控除可能

この例では年間で10万円の負担増です。80%から70%への1段階目は影響が限定的ですが、令和10年10月には50%、令和12年10月には30%と下がるため、中期的には取引構造そのものの見直しが必要になります。まずは会計データから「適格請求書発行事業者以外への支払額」を集計しておきましょう。

見落としやすい「金額の上限」

経過措置には、令和6年10月1日以後に開始する課税期間について金額の上限が設けられています。一の免税事業者等から行う経過措置対象の課税仕入れの合計額が一定額を超える場合、その超えた部分には経過措置を適用できません。

課税期間	上限額
令和6年10月1日〜令和8年9月30日までの間に開始する課税期間	税込み10億円
令和8年10月1日以後に開始する課税期間	税込み1億円

上限が10億円から1億円へ大きく下がります。特定の免税事業者への支払が年間1億円を超える場合は、超過部分が控除できなくなるため、該当しそうな事業者は早めの確認が必要です。

9月中に済ませたい3つのこと

1. 取引先の登録状況を洗い直す

制度開始後に登録した取引先もあります。国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で登録番号を確認し、取引先マスタを最新化します。登録済みであれば経過措置の対象外となり、通常どおり全額控除できます。

2. 会計ソフトの税区分設定を確認する

税区分が「80%控除」のままだと、10月以後の仕入れで控除額を誤ります。改定時期と設定変更の要否を、9月中にベンダーへ確認しておきましょう。

3. 帳簿の記載方法を確認する

経過措置の適用には、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等の保存に加え、経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を帳簿に記載することが要件です。10月以後は「70%控除対象」といった記載に切り替わります。「※」などの記号を用いて、別途「※は70%控除対象」と表示する方法も認められています。

取引条件の見直しは慎重に

負担増を理由に取引価格の見直しを検討する場合、一方的な減額や取引停止は独占禁止法・下請法上の問題となるおそれがあります。公正取引委員会も、免税事業者であることのみを理由とした不利益な取扱いに注意を促しています。

見直す場合は双方の協議によることが前提です。判断に迷う場合は事前にご相談ください。免税事業者側の対応については2割特例の終了と課税方式の選び方もあわせてご確認ください。

【令和8年度税制改正】3割特例の創設：2割特例の終了後について、個人事業者を対象に、納税額を売上税額の3割とすることができる措置が2年間（令和9年分・令和10年分）講じられます（これまで2割特例の対象だった個人事業者も含みます）。法人は対象外です。適用にあたっては国税庁の最新の公表内容をご確認いただくか、当事務所までお問い合わせください。

よくある質問

Q. インボイスの経過措置は10月からいくらになりますか？

A. 令和8年（2026年）10月1日から令和10年9月30日までは、仕入税額相当額の70%が控除できます。9月30日までの80%から10ポイント縮小します。その後は令和10年10月1日から50%、令和12年10月1日から30%となり、令和13年10月1日以後は経過措置が終了します。判定は課税仕入れを行った日で行います。

Q. 経過措置に金額の上限はありますか？

A. あります。令和6年10月1日以後に開始する課税期間では、一の免税事業者等から行う経過措置対象の課税仕入れの合計額が一定額を超えると、超えた部分には適用できません。上限は令和8年9月30日までの間に開始する課税期間が税込み10億円、令和8年10月1日以後に開始する課税期間は税込み1億円です。

Q. 帳簿にはどう記載すればよいですか？

A. 原則的な記載事項に加え、経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨の記載が必要です。10月以後は「70%控除対象」「免税事業者からの仕入れ」などと記載します。個々の取引に「※」などの記号を付し、別途「※は70%控除対象」と表示する方法も認められています。会計ソフトの税区分を正しく設定しておけば自動的に記載されることが一般的です。

まとめ

経過措置の80%控除は令和8年9月30日で終了し、10月1日からは70%になります。あわせて金額の上限が10億円から1億円へ下がります。9月中に免税事業者への支払額を集計し、取引先の登録状況の再確認と会計ソフトの税区分設定を済ませておくことが実務上のポイントです。