税務調査が来たらどうする？流れ・対応・税理士の役割

ある日突然、税務署から税務調査の連絡が来ると、多くの経営者は強い不安を感じます。「何か大きな間違いをしていたのか」「多額の追徴課税を取られるのでは」と、頭が真っ白になる方も少なくありません。税務調査とは、申告内容が正しいかを税務署が確認する手続きであり、連絡が来たからといって、必ずしも脱税を疑われているわけではありません。日々きちんと帳簿をつけ、正しく対応すれば過度に恐れる必要はなく、税理士が調査に立ち会うこともできます。本記事では、税務調査の連絡が来たときの流れ・当日の対応・税理士の役割を、西東京市・ひばりが丘の税理士法人みらいがわかりやすく解説します。

「税務調査の連絡が来た」まず落ち着いて

税務署から調査の連絡が来ても、慌ててその場で日程を確定したり、慌てて書類を作り直したりする必要はありません。まずは次のことを落ち着いて確認しましょう。

• 調査の日程は、合理的な理由があれば変更を申し出て協議できる（国税通則法第74条の9第2項）。ただし調査そのものを断ることはできない
• 顧問税理士がいる場合は、すぐに連絡して立会いを依頼する
• 過去の申告書・帳簿・領収書などの所在を確認しておく
• その場しのぎで書類を改ざん・破棄することは絶対にしない

「顧問税理士がいない」「今の税理士では調査対応が不安」という方は、日程が確定する前の早い段階でご相談いただくのが安心です。税務調査の対応でお困りの方は、お気軽にご相談ください（初回相談無料）。

税務調査とは（任意調査と強制調査）

税務調査には、大きく分けて「任意調査」と「強制調査」の2種類があります。中小企業や個人事業主に対して行われる調査のほとんどは、事前通知のある任意調査です。

種類	内容
任意調査	納税者の協力を得て行われる通常の調査。原則として事前通知があり（国税通則法第74条の9）、税理士の立会いが可能。中小企業の調査は基本的にこちら。なお「任意」とはいえ、調査官には質問検査権（国税通則法第74条の2以下）があり、正当な理由なく質問に答えない・帳簿の提示を拒むと罰則の対象となるため、受忍義務があります。
強制調査	裁判所の令状に基づき国税局査察部（いわゆるマルサ）が行う調査。多額・悪質な脱税が疑われる特別なケースに限られます。

任意調査が原則ですが、現金商売など一部の業種では、事前通知のない「無予告調査」が行われることもあります。いずれの場合も、税理士に立ち会ってもらえる点は変わりません。

税務調査の流れ（事前通知→当日→修正申告・是認）

一般的な任意調査は、次のような流れで進みます。全体像を把握しておくだけでも、不安はぐっと軽くなります。

段階	内容
①事前通知	税務署から電話等で調査の連絡。調査日時・場所・対象税目・対象期間などが伝えられ、日程調整を行う。
②事前準備	帳簿・請求書・領収書・契約書などを整理。税理士と打ち合わせて想定される質問に備える。
③調査当日	調査官が来社（1〜2日程度が多い）。事業内容のヒアリングと帳簿・証憑の確認、質問への回答を行う。
④調査後のやりとり	後日、指摘事項について税務署と協議。税理士が納税者に代わって意見を述べることができる。
⑤結果（是認・修正申告）	問題がなければ「申告是認」の通知。指摘があれば修正申告を行い、不足税額と加算税・延滞税を納付する。

指摘を受けた場合、過少申告加算税や延滞税がかかります。さらに、意図的な仮装・隠ぺいなど悪質と判断されると、重い重加算税の対象となります。一方、申告内容に問題がなければ「是認」となり、追加の納税は生じません。

調査当日の対応と準備しておく書類

調査当日は、調査官の質問に対して事実を正確に、簡潔に答えることが基本です。分からないことは推測で答えず、「確認して回答します」と伝えて構いません。あらかじめ準備しておきたい主な書類は次のとおりです。

• 総勘定元帳・仕訳帳などの会計帳簿
• 請求書・領収書・レシート（売上・経費の証憑）
• 預金通帳・現金出納帳
• 契約書・注文書・見積書
• 給与関係の書類（源泉徴収簿・扶養控除等申告書など）
• 過去の申告書控え

これらを日頃から整理しておくことが、スムーズな調査対応につながります。税理士が立ち会えば、当日の受け答えのポイントも事前にアドバイスできます。

税理士の役割（立会い・交渉・書面添付）

税理士は税理士法に基づき、税務調査に立ち会い、納税者に代わって意見を述べることができます（税理士法第2条の税務代理・意見陳述）。具体的な役割は次のとおりです。

• 立会い：調査当日に同席し、専門用語の多いやりとりをフォロー。納税者が不利な発言をしないよう支える。
• 交渉・意見陳述：調査官の指摘に対し、税法上の根拠を示して反論・交渉。追徴課税を適正な範囲にとどめる。
• 書面添付：申告書に税理士が「どのような点を確認して申告したか」を記した書面を添付する制度（税理士法第33条の2）。これがあると、調査の前に税理士への意見聴取が行われ、調査そのものが省略されるケースもあります。

当事務所には元国税局OB税理士が在籍しています。調査官がどこを見るか、どう判断するかを熟知しているため、税務調査への備えと当日の交渉に大きな強みを発揮します。法人の税務でお困りの方は法人向けサービスもあわせてご覧ください。

税理士に立会いを依頼する費用感

税理士に税務調査の立会いを依頼する費用は、調査の日数・事業規模・調査内容によって異なります。目安として、次のような考え方が一般的です。

依頼のかたち	費用の考え方
顧問契約あり	普段から帳簿を把握しているため事前準備・当日対応がスムーズ。立会いを顧問契約の範囲に含める場合と、別途費用とする場合があります。
スポット（単発）依頼	顧問契約なしで調査の立会いのみを依頼するかたち。事前準備を含め別料金となるのが一般的です。

いずれの場合も、追徴課税を適正な範囲に抑えられれば、費用以上の安心と効果が得られることが多くあります。具体的な金額は御社の状況を伺ったうえでお見積りしますので、詳しくは無料相談でお問い合わせください。固定料金の一律提示は行っておりません。

よくある質問

Q. 税務調査は何年分をさかのぼって調べられますか？

A. 一般的な任意調査では過去3年分が対象になることが多く、問題が見つかると5年分、意図的な不正があると判断されると最長7年分までさかのぼります。過去の申告に不安がある方は、連絡が来た段階で早めにご相談ください。

Q. 税理士に立会いを依頼すると費用はいくらですか？

A. 調査日数・事業規模・内容により異なります。顧問契約があればスムーズに進み、スポット立会いは別料金が一般的です。金額は状況を伺いお見積りしますので、詳しくは無料相談でご確認ください。

Q. 税理士なしでも税務調査に対応できますか？

A. 対応自体は可能ですが、税法知識がないまま答えると不利な内容を認めてしまうおそれがあります。税理士は立会い・意見陳述ができ、特に元国税局OB税理士は調査官側の視点を理解しているため適切な交渉が可能です。

まとめ

税務調査の連絡が来ても、まず落ち着いて対応することが大切です。中小企業への調査のほとんどは事前通知のある任意調査で、事前通知→準備→当日→結果（是認または修正申告）という流れで進みます。指摘があれば過少申告加算税・延滞税、悪質な場合は重加算税がかかりますが、日頃の帳簿整備と税理士の立会い・書面添付で、追徴を適正な範囲に抑えることができます。西東京市（ひばりが丘・保谷・田無）・東久留米市・練馬区・武蔵野市の中小企業、そして、元国税局OB税理士が在籍する税理士法人みらいがサポートします。なお、個別の事案は必ず税理士にご相談ください。