介護・障害福祉の事業承継と開業｜税務と社会保険の手続きをまとめて

介護・障害福祉の事業を引き継ぐときは、承継の方法によって指定の手続きが変わります。事業譲渡のように運営する法人が替わる場合は、譲受側の新規指定申請と譲渡側の廃止届が必要で、株式の譲渡のように法人がそのまま残る場合は、代表者などの変更届が中心になります。あわせて、消費税・決算期・給与・社会保険を同時に整える必要があります。

承継の方法で指定の手続きはどう変わるか

介護保険の事業者の指定を受けられるのは原則として法人で、運営する法人（法人格）が替わるかどうかで手続きが分かれます。東京都は、運営法人が変わる場合は、旧法人の事業所の廃止手続きと同時に、新法人が新規指定申請を行う必要があると案内しています。

承継の方法	運営する法人	指定の手続き（東京都の案内）	税務の主な論点
事業譲渡	替わる（譲受側の法人が運営）	譲受側の新規指定申請と、譲渡側の廃止届	建物・設備・営業権の対価は消費税の課税対象、土地・債権は非課税
株式の譲渡	替わらない（株主・役員が替わる）	代表者などが替われば変更届（取扱いは指定権者に確認）	株式の譲渡は消費税が非課税。法人の過去の税務もそのまま引き継ぐ
合併・会社分割	替わる場合がある	運営法人が替わる場合は廃止と新規指定。法人格がないと申請できない	組織再編の税務（適格要件など）の検討が必要

東京都の居宅サービス（通所介護など）の場合、廃止届は廃止日の1か月前まで（必着）に、利用者のサービスの確保が図られていることがわかる書類（移行リスト）を添えて提出します。変更届は変更後10日以内で、法人の内容が変わった場合も同様に必要です（東京都「介護保険事業者指定のガイドブック」）。株式の譲渡では運営する法人そのものは変わらないため、東京都の案内でいう「運営法人の変更」には当たらないと考えられますが、法人の代表者が替われば変更届の対象になります。

合併や会社分割について、東京都は、指定申請の要件として申請者が法人であることが定められているため、登記をしておらず法人格がない状態では申請を受け付けられず、手続きが希望どおりのスケジュールで進まない可能性があると案内しています（2020年9月の事務連絡）。区市町村が指定する地域密着型サービスや障害福祉サービスでは、様式や期限がそれぞれ異なります。どの方法でも、早い段階で指定権者に相談することが前提です。承継の進め方全般は事業承継は誰に相談する？、株式の譲り受けの前に行う税務の確認はM&Aにおける税務デューデリジェンスでも解説しています。

地域密着型通所介護と通所介護の違い

利用定員18人以下の小規模なデイサービスは地域密着型通所介護で、指定するのは区市町村です。定員19人以上の通所介護は都道府県が指定し、東京都内では東京都（八王子市内の事業所は八王子市）が窓口になります。

項目	地域密着型通所介護	通所介護
利用定員	18人以下	19人以上
指定・監督	区市町村	東京都（八王子市内は八王子市）
東京都内の申請窓口	各区市町村の窓口	（公財）東京都福祉保健財団 介護事業者指定室
指定の時期	区市町村ごとに異なる	毎月1日付。申請した月の翌々月1日（指定前研修の受講が必要）

東京都の通所介護では、指定前研修を受けてから申請し、申請した月の翌々月1日付で指定されます。工事中や備品が未納入の状態では申請書を受理できず、指定を受けるとその日からサービスを提供しなければならないとされています。申請には、定款の事業目的に申請する事業が記載されていることと、その事業目的が記載された登記簿謄本も必要です（東京都「介護保険事業者指定のガイドブック」令和5年10月改訂）。

地域密着型通所介護の例として、東久留米市は、新規指定を希望する事業者に、建物の改修や新築工事に着手する前の事前協議を求めています。事前協議・申請・現地確認・指定日の日程は年2回組まれており（例：4月1日に事前協議、5月1日に申請、6月に現地確認、7月1日に指定）、利用者は原則として東久留米市の被保険者に限るとしています（東久留米市「地域密着型通所介護の新規指定にあたって」市ホームページ掲載版）。事業譲渡にともなう新規指定の場合の日程を含め、最新の取扱いは市に確認してください。

障害福祉サービスの指定権者（東京都の場合）

東京都内の障害福祉サービスの指定は原則として東京都が行い、指定申請書類の受付は（公財）東京都福祉保健財団が担当しています。八王子市内の事業所は八王子市が窓口で、児童系サービスのうち児童相談所を設置している区内の事業所は、その区が窓口です。

区分	主なサービス	東京都内の受付窓口
訪問系	居宅介護、重度訪問介護、同行援護、行動援護	（公財）東京都福祉保健財団
日中活動系	生活介護、自立訓練、就労移行支援、就労継続支援A型・B型	（公財）東京都福祉保健財団
居住系	共同生活援助、短期入所	（公財）東京都福祉保健財団
児童系	児童発達支援、放課後等デイサービス	（公財）東京都福祉保健財団（児童相談所設置区内はその区）

八王子市内の事業所は、上の表にかかわらず八王子市が受付窓口です。また、令和6年4月から、都道府県が行う障害福祉サービスの事業者指定に対して区市町村が意見を申し出る仕組みが始まりました。東京都は、訪問系サービス以外の指定申請を予定する事業者には、都への申請前に区市町村との事前相談を求めており、「通知の求め」をした区市町村では訪問系サービスも事前相談の対象になるとしています（東京都福祉局 令和6年5月7日付通知）。処遇改善加算に関する手続きは、引き続き東京都が受付窓口です。

税務で押さえること（消費税・事業譲渡・決算期）

介護保険サービスや、障害福祉サービスなどの社会福祉事業の収入は、多くが消費税の非課税取引です。ただし、利用者の選定による送迎や、特別な居室・食事の提供など、非課税にならないものもあります。

取引	消費税
介護保険サービスの提供（通所介護・地域密着型通所介護など）	非課税
利用者の選定による送迎、特別な居室・食事の提供など	非課税にならない
障害福祉サービス事業によるサービスの提供	非課税
生活介護・就労継続支援などの生産活動として行う販売など	非課税にならない
事業譲渡の対価のうち、建物・設備・営業権の部分	課税
事業譲渡の対価のうち、土地・売掛金などの債権の部分	非課税
株式の譲渡	非課税

根拠は消費税法別表第二第7号で、国税庁の通達は、通所介護・地域密着型通所介護について「居宅要介護者の選定による送迎」を非課税の範囲から除いています（消費税法基本通達6-7-1）。障害福祉サービス事業も非課税の範囲に含まれますが、生活介護・就労選択支援・就労移行支援・就労継続支援などの事業で生産活動としての作業にもとづいて行う資産の譲渡等は除かれています（同6-7-5）。

事業譲渡では、譲渡する資産を課税資産と非課税資産に分け、対価の額を合理的に区分して課税します（国税庁 質疑応答事例「営業の譲渡をした場合の対価の額」）。課税売上割合が95％未満の事業者は、支払った消費税のうち課税売上げに対応する部分しか控除できないため（国税庁タックスアンサーNo.6401）、売上の多くが非課税の介護事業では、譲り受けで支払った消費税の多くを取り戻せないことがあります。対価の配分は契約の段階で検討しておきましょう。

決算期（事業年度）は定款で定めます。介護報酬の入金はサービス提供月の翌々月で、処遇改善加算の実績報告は4月から翌年3月までの年度ごとに行います（厚生労働省の通知では、3月分の加算の支払は5月とされています）。事業譲渡を機に新しい法人で事業を始める場合は、1期目の長さ、消費税の納税義務の判定、処遇改善加算の年度との関係を見ながら決算期を決めるとよいでしょう。新設法人の消費税は、各事業年度の期首の資本金が1,000万円以上の法人（社会福祉法人を除く）は設立1期目・2期目も免税になりません。資本金1,000万円未満でも、2期目は、特定期間（原則として1期目開始の日以後6か月）の課税売上高と給与等支払額がいずれも1,000万円を超える場合は課税事業者になります（課税売上高に代えて給与等支払額で判定できます。1期目が短い場合は特定期間がないこともあります）。

給与・社会保険で押さえること

処遇改善加算を算定する事業者は、加算の算定額に相当する賃金改善を行い、年度ごとに実績を報告しなければなりません。賃金改善の計画と実績は給与のデータから作るため、給与計算と一体で管理することが大切です。

項目	内容（令和8年度分）
賃金改善の額	処遇改善加算の算定額に相当する賃金改善を実施する
対象となる賃金	基本給・手当・賞与など（退職手当を除く）。賃金改善にともなう法定福利費等の事業主負担の増加分を含めることができる
賃金水準	対象とする項目を特定し、賃金水準を低下させてはならない。基本給による賃金改善が望ましい
計画と届出	処遇改善計画書と体制届（加算届）の提出が必要。東京都では、地域密着型サービスの計画書は区市町村が提出先
実績報告	最終の加算の支払があった月の翌々月の末日まで。令和8年度分は通常、令和9年7月31日。根拠資料とあわせて2年間保存
要件を満たさない場合	算定額に相当する賃金改善が行われていない場合などは、返還や加算の取消しの対象になり得る

令和8年度は期中改定により、処遇改善加算の対象が介護職員から介護従事者に拡大され、訪問看護・訪問リハビリテーション・居宅介護支援などにも加算が設けられました（厚生労働省老健局長通知 令和8年3月13日）。事業を引き継ぐ場合は、譲渡側でどの区分の加算を算定し、どの職員にどう配分していたかを確認し、引き継いだ後の賃金規程と給与計算の設定に反映させる必要があります。

職員の社会保険については、法人の事業所は、事業主のみの場合を含めて健康保険・厚生年金保険の強制適用事業所です（日本年金機構）。事業譲渡では雇用する法人が替わるため、職員の社会保険・雇用保険についても手続きが必要になります。届出の作成・提出は社会保険労務士の業務のため、グループの社会保険労務士法人みらいが担当します。毎月の給与計算の分担は給与計算は外注すべき？で整理しています。

開業準備のスケジュール

指定日から逆算して、事前相談、法人の準備、税務の届出、職員の確保、指定申請の順に進めます。必要な期間や締切は自治体ごとに異なるため、最初に指定権者の日程を確認してください。

段階	主な作業	担当・窓口
1 事前相談	事業計画・資金計画、物件の確認、指定権者への事前相談（東京都の通所介護は設備面の事前相談を原則案内、東久留米市の地域密着型通所介護は工事着手前の事前協議が必要）	指定権者／税理士法人みらい（事業計画・資金計画）
2 法人の準備	定款の事業目的に申請する事業を記載し、設立登記を行う（新しい法人で承継する場合）	登記は司法書士の業務
3 税務の届出	法人設立届出書（設立の日以後2か月以内）、青色申告の承認申請書（設立の日以後3か月を経過した日と最初の事業年度終了日のいずれか早い日の前日まで）、給与支払事務所等の開設届出書（設けてから1か月以内）、源泉所得税の納期の特例の申請（給与の支給人員が常時10人未満の場合）	税理士法人みらい
4 職員の確保	人員基準を満たす職員の採用、社会保険・労働保険の加入手続き	社会保険労務士法人みらい（手続き）
5 指定申請	東京都（通所介護）は指定前研修の受講後に申請し、申請した月の翌々月1日付で指定。区市町村（地域密着型）は自治体の日程に従う	指定権者（書類作成の担当は下記参照）
6 開業後	介護報酬の請求、給与計算、処遇改善加算の計画書・実績報告、毎月の会計	税理士法人みらい（会計・給与計算・賃金改善額の集計）。処遇改善加算の計画書・実績報告書は事業者が指定権者に提出します（書類作成の代行は、介護保険法にもとづく届出として社会保険労務士の業務とされています）

税務の届出の期限は国税庁「法人税のあらまし」によります（期限が土日祝日等にあたる場合はその翌日）。開業直後は、介護報酬の入金より先に人件費や家賃の支払いが始まります。翌々月入金を前提に、開業から入金が安定するまでの運転資金を資金計画に織り込んでおきましょう。融資を検討する場合は創業融資と税理士もご参照ください。

指定申請・変更届の書類作成をどの専門家が担うかは、根拠となる法律で決まります。介護保険法にもとづく申請・届出について、名古屋市の手引きは、業として書類作成や届出を行えるのは原則として社会保険労務士であると案内しています。介護保険法にもとづく指定申請・届出の書類作成を業として行えるのは、原則として社会保険労務士です。障害福祉サービスなど他の法律にもとづく申請は、根拠となる法律に応じて担当する専門家が異なるため、内容をうかがったうえでグループ内で担当を確認してご案内します。

手続きの担当と、当事務所がお手伝いできること

税務・会計・給与計算は税理士法人みらい、職員の社会保険・労働保険の手続きは社会保険労務士法人みらいが担当し、窓口をまとめてご相談いただけます。

手続き	担当
記帳・決算、法人税・消費税の申告	税理士法人みらい
給与計算・年末調整、賃金改善額の集計（計画書・実績報告書に使う給与データの作成）	税理士法人みらい
事業譲渡・株式の譲渡にともなう税務（対価の区分、消費税、決算期）	税理士法人みらい
職員の社会保険・労働保険の手続き	社会保険労務士法人みらい
指定申請・変更届・廃止届	根拠となる法律に応じてグループ内で担当を確認（介護保険法にもとづく申請は社会保険労務士の業務とされています）
法人の登記	司法書士の業務

当事務所は、障害者福祉事業を営む社会福祉法人や、在宅医療・リハビリテーションを行う医療法人など、福祉・医療分野のお客様をご支援しています。一部は顧客紹介のページでご紹介しています。西東京市・東久留米市・練馬区・新座市・小平市など近隣の法人・個人事業主の方からのご相談をお受けしています。

新しく法人を設立して事業を引き継ぐ場合の月額顧問料・決算料は、サービス案内の「新設法人の顧問料等報酬料金表」に掲載しています（申告期の売上高（営業外収益・特別利益を含む）と月あたりの仕訳件数が基準です）。設立1期目の法人には、1年目の給与計算（3名まで）を月額顧問料に含める新設法人サービスパックがあります。既存の法人の顧問料や事業承継のご支援の料金は、内容をうかがってご案内します。

よくある質問

Q. デイサービスを事業譲渡で引き継ぐ場合、指定はそのまま使えますか？

A. 使えません。運営する法人が替わるため、東京都の案内では、譲受側の法人が新規指定申請を行い、譲渡側の法人は廃止届を提出します。地域密着型通所介護は区市町村が指定するため、日程や必要書類は各区市町村に確認してください。法人格がないと申請できないため、新しい法人を設ける場合は設立登記を先に済ませる必要があります。

Q. 株式を譲り受ける方法なら、指定の手続きは不要ですか？

A. 運営する法人は変わらないため、東京都の案内でいう運営法人の変更（廃止と新規指定）には当たらないと考えられます。ただし、法人の代表者などが替わる場合は変更届が必要で、東京都の案内では変更後10日以内です。取扱いは事前に指定権者に確認してください。法人の過去の税務もそのまま引き継ぐため、譲り受ける前の確認が大切です。

Q. 介護事業の売上に消費税はかかりますか？

A. 介護保険サービスの提供は、多くが消費税の非課税取引です。ただし、利用者の選定による送迎や、特別な居室・食事の提供などは非課税になりません。障害福祉サービス事業も社会福祉事業として非課税ですが、生活介護や就労継続支援などの生産活動として行う販売などは除かれます。

Q. 東久留米市や西東京市の事業者でも相談できますか？

A. できます。当事務所は西東京市ひばりが丘にあり、西東京市・東久留米市・練馬区・新座市・小平市など近隣の法人・個人事業主の方からのご相談をお受けしています。初回相談は無料です。税務・会計・給与計算は当事務所が、職員の社会保険の手続きはグループの社会保険労務士法人みらいが担当し、窓口をまとめてご相談いただけます。

まとめ

介護・障害福祉の事業承継では、運営する法人が替わるかどうかで指定の手続きが変わります。事業譲渡は譲受側の新規指定申請と譲渡側の廃止届、株式の譲渡は代表者などの変更届が中心です。定員18人以下の地域密着型通所介護は区市町村、通所介護と東京都内の障害福祉サービスは原則として東京都が指定します。介護・障害福祉の収入の多くは消費税が非課税で、事業譲渡の対価の区分、決算期、処遇改善加算の賃金改善と実績報告、職員の社会保険を同時に整える必要があります。期限や日程は自治体ごとに異なるため、早めに指定権者と専門家に相談してください。