クリニック・医療法人の税理士｜開業から医療法人化までの税務と相談のポイント

クリニック・医療法人の税務で押さえる点は、個人開業なら社会保険診療報酬の概算経費の特例（租税特別措置法第26条）と、社会保険診療などは非課税、美容医療などの自由診療は原則として課税という消費税の区分です。医療法人化には都道府県知事の認可が必要で、東京都の受付は年2回です。医療法人は剰余金を配当できないため、役員報酬や承継まで見通して判断します。

個人開業の医師の税務（社会保険診療報酬の特例）

個人で開業している医師・歯科医師は、社会保険診療報酬が年5,000万円以下で、かつ医業・歯科医業から生ずる事業所得の総収入金額が年7,000万円以下であれば、社会保険診療に係る経費を実際の金額ではなく、法律で定めた率で計算できます（租税特別措置法第26条）。率は、社会保険診療報酬を次の区分に分けて、それぞれに掛けます。

社会保険診療報酬の区分	経費とする率
2,500万円以下の部分	72%
2,500万円を超え3,000万円以下の部分	70%
3,000万円を超え4,000万円以下の部分	62%
4,000万円を超え5,000万円以下の部分	57%

たとえば社会保険診療報酬が3,000万円なら、2,500万円×72%＝1,800万円と、500万円×70%＝350万円の合計2,150万円が社会保険診療に係る経費になります。実務では次の点に注意します。

• 選ぶかどうかは実額と比べて判断：国税庁は、社会保険診療に係る経費を、実際の経費によらずこの方法で計算した金額と「することができます」と案内しています。実際の経費のほうが多い年は使いません
• 確定申告書への記載が必要：記載がないと原則として適用されません（同条第3項。やむを得ない事情がある場合の救済は第4項）。付表《医師及び歯科医師用》を決算書（白色申告は収支内訳書）とともに添付し、青色申告の記載要領では申告書第二表の「特例適用条文等」欄に「措法26」と書くよう案内されています
• 自由診療の経費は実額：自由診療と共通する経費は、診療実日数や収入金額による「自由診療割合」で分けます
• 青色申告特別控除の計算：特例を使った場合、控除額の計算の基礎となる事業所得には、社会保険診療に対応する部分が含まれません

また、社会保険診療報酬支払基金から支払われる診療報酬は、（その月分の金額－20万円）×10.21%の所得税等が源泉徴収されています。源泉徴収された税額は確定申告で精算します。令和8年分の確定申告期間は2027年2月16日（火）から3月15日（月）までです。確定申告を税理士に頼む費用の考え方は確定申告を税理士に頼む費用と判断の目安で解説しています。

クリニックの消費税（保険診療と自由診療）

健康保険法・国民健康保険法などによる社会保険医療は消費税が非課税で、美容整形や差額ベッドの料金、市販の医薬品の販売などは課税です（国税庁 No.6201）。

収入の種類	消費税
健康保険・国民健康保険などの療養の給付（患者の一部負担金を含む）	非課税
労災保険・自賠責保険の対象となる医療、公費負担医療	非課税
医師・助産師などによる助産に関するサービス	非課税
美容整形、差額ベッドの料金	課税
療養に当たらない医薬品・医療用具の販売（市販薬の販売など）	課税

消費税の納税義務は、基準期間（個人は前々年）の課税売上高で判定します。課税売上高は課税される売上げの合計なので、非課税の社会保険医療の収入は含まれません（消費税法第9条）。自由診療などの課税売上高が1,000万円以下なら原則として免税ですが、適格請求書発行事業者（インボイス）の登録をしている場合は免除されません（国税庁 No.6501）。

課税事業者になった場合も、非課税の売上げが多いクリニックは課税売上割合が95%未満になりやすく、一般課税の場合、仕入れや医療機器の購入にかかった消費税は、課税売上げに対応する部分しか控除できません（国税庁 No.6401）。自由診療を始める・増やすときは、この点も含めて試算します。

個人のクリニックと医療法人の違い

個人のクリニックと医療法人の違いは、誰が開設者で、利益と税金が誰に帰属するかです。主な違いを表にまとめます。

項目	個人のクリニック	医療法人
開設の手続き	開設後10日以内に都道府県知事等へ届出（医療法第8条）	知事の設立認可（第44条）のうえ、診療所の開設許可（第7条）
税金	医師の事業所得に所得税（5%〜45%の7段階）	法人の所得に法人税。理事長は役員報酬（給与所得）を受け取る
社会保険診療報酬の概算経費	措置法第26条	措置法第67条（基準・率は同じ）
利益の分配	事業の利益が医師個人の所得になる	剰余金の配当は禁止（第54条）
運営の体制	―	理事3人以上（知事の認可を受ければ1人または2人も可）・監事1人以上（第46条の5）、社員総会
決算後の届出	確定申告	事業報告書等を会計年度終了後3か月以内に知事へ届出（第52条）、病院・診療所ごとの収益・費用等の報告（第69条の2）
健康保険・厚生年金	常時5人以上の従業員がいれば適用事業所（医療の事業）	法人の事業所は適用事業所
院長の交代	開設者が変わるため、廃止の届出と新たな開設・保険医療機関の指定の手続きが必要	開設者は法人のままで、理事長を交代する

保険医療機関の指定は開設者の申請で行われるため（健康保険法第65条）、個人のクリニックを別の医師が引き継ぐときは、開設者ごとに手続きをやり直すことになります。

医療法人化を考える目安

医療法人化を考えるときは、①所得税の高い税率がかかる所得水準になっている、②診療を長く続け、承継や分院を視野に入れている、③法人としての運営と届出を担える、の3つがそろうかどうかを目安にするとよいでしょう。所得の金額だけで決めるものではありません。

• 税率の差：所得税は5%から45%の累進税率です。法人税は、出資金1億円以下または出資のない法人なら年800万円以下の部分が15%（中小法人の特例。令和9年3月31日までに開始する事業年度。本則19%）、超える部分が23.2%です（特定医療法人などは別の税率）。院長の収入は役員報酬となり、法人と個人の両方の税負担と社会保険料で比べます
• 概算経費の特例は法人でも同じ基準：医療法人も措置法第67条で、社会保険診療報酬5,000万円以下・総収入金額7,000万円以下なら同じ率で計算できます
• お金の自由度は下がる：拠出した財産は医療法人の財産になり、剰余金は配当できません。東京都は、設立時に2か月分以上の運転資金を用意すること、個人のクリニックの運転資金の借入金は法人に引き継げないことを案内しています
• 事務の負担は増える：理事会・社員総会の運営、毎年の事業報告書等の届出、役員の任期（2年以内）の管理が必要です

個人事業から法人へ切り替える一般的な損得は法人成りのメリット・デメリット、年の途中で切り替えるときの個人の手続きは法人成りのタイミング｜年内に決めるか、来年にするかで解説しています。

医療法人の設立の流れと東京都の日程

医療法人は、主たる事務所の所在地の都道府県知事の認可を受けて設立します（医療法第44条）。東京都の設立認可の申請受付は年2回で、令和8年度第1回の仮申請（2026年8月31日〜9月4日）はすでに締め切られています。次は第2回です。

手順	令和8年度 第2回（東京都の予定）
定款（案）の作成・設立総会	仮申請の提出日以前に開催
システム利用登録の申請期限	2027年3月11日（登録には5営業日程度かかる）
事前審査書類（仮申請）の受付	2027年3月11日（木）〜3月17日（水）。原則として東京都医療法人情報支援システムで提出
事前審査	2027年4月上旬から
本申請の提出期限	2027年6月30日（紙で提出）
医療審議会	2027年8月初旬
認可書の交付	2027年8月下旬

日程は変更されることがあると東京都は注記しています。申請手数料は無料です。認可書の交付後は、設立の登記（登記は司法書士の業務です）、登記事項の届出、所管の保健所への診療所の開設許可申請と開設届（有床の場合は使用許可も）、個人で開設していた診療所の廃止届、関東信越厚生局東京事務所への保険医療機関の指定申請と続きます。保険診療が途切れないよう、指定の時期から逆算して準備します。

なお、設立認可申請の書類の作成は行政書士の業務です。東京都も、行政書士または弁護士でない者が官公署に提出する書類の作成を業として行うことは禁じられていると案内しています。当事務所は、法人化するかどうかの税務面の比較、個人の最後の確定申告、医療法人の税務署・都税事務所・市役所への設立の届出、設立後の決算・申告を担当します。税務署などへの届出と期限は会社設立の費用と、設立1期目の税理士費用の目安の届出の表もご参照ください。

医療法人の税務（法人税・役員報酬・配当の禁止）

医療法人の所得には法人税がかかり、剰余金の配当は禁止されています（医療法第54条）。理事長などへの役員報酬は、定期同額給与などの要件を満たさないと損金になりません。

• 役員報酬：毎月同額で支給し（定期同額給与）、額の改定は原則として事業年度開始の日から3か月を経過する日までに行います（国税庁 No.5211）。不相当に高額な部分は損金になりません（法人税法第34条第2項）。決め方は役員報酬の決め方と改定時期で解説しています
• 配当とみなされる取引：東京都は、役員・職員や利害関係者への貸付（全職員を対象に福利厚生の規程を設けた貸付は可）、役員など特定の人だけが住む社宅や使う車両・駐車場、理事長などが経営する営利法人への資金援助、理事長などの個人的な借入の返済や法人資産の担保提供などを、配当とみなされる例として示しています
• 決算と届出：会計年度終了後2か月以内に事業報告書・財産目録・貸借対照表・損益計算書などを作成して監事の監査を受け、3か月以内に知事へ届け出ます（医療法第51条・第52条）。法人税の申告と同じ決算数字を使うため、決算の段取りを合わせて組みます

東京都は、決算後に生じる利益剰余金は積立金とし、施設の改善や職員の処遇改善などに充てるのが適当としています。設備投資の時期や翌事業年度の理事長の報酬水準（改定は原則として事業年度開始の日から3か月以内）は、決算の数か月前から納税額の見込みと合わせて検討します。

事業承継（持分なし医療法人と認定医療法人制度）

平成19年度以降は持分のある医療法人を新たに設立できず、今ある持分あり医療法人では、出資者の相続で持分に相続税がかかることや、持分の払戻しを求められることが課題になります。持分なし医療法人へ移行する計画について厚生労働大臣の認定を受けると（認定医療法人制度）、相続税・贈与税の納税猶予などが受けられ、認定の期限は令和11年12月31日です。

厚生労働省によると、令和8年3月31日現在、医療法人59,893法人のうち持分ありの社団医療法人は35,104法人です。

項目	認定医療法人制度の内容（厚生労働省）
認定の期限	令和11年12月31日までに移行計画の認定を受ける
移行の期限	認定の日から5年以内に持分なし医療法人へ移行（移行しないと認定が取り消され、さかのぼって課税）
税制上の措置	出資者の相続人の相続税の納税猶予（持分を放棄すれば免除）、出資者間の贈与税の納税猶予、移行時に医療法人へ課される贈与税の非課税
相続が発生している場合	相続税の申告期限（相続の開始があったことを知った日の翌日から10か月以内）までに認定を受ける必要がある
移行後	6年間、毎年運営状況を厚生労働省へ報告

会社を対象とする法人版事業承継税制（非上場株式等の納税猶予）は、医療法人は対象外です（東京都）。個人のクリニックを親族が継ぐ場合は、開設者が変わるため廃止と開設の手続きに加え、建物・医療機器などの事業用資産を贈与・相続・譲渡のどれで引き継ぐかで税金が変わります。承継の進め方と相談先は事業承継は誰に相談する？にまとめています。

税理士に相談できることと担当の分かれ方

クリニック・医療法人の手続きは、内容によって担当する専門家が分かれます。税理士は、申告と税務の判断、決算を担当します。

手続き・相談	担当
個人の確定申告（措置法第26条の計算）、消費税の判定、医療法人化の税務面の比較	税理士（税理士法人みらい）
医療法人の決算・法人税等の申告、役員報酬の設計、税務署・都税事務所・市役所への届出	税理士（税理士法人みらい）
医療法人の設立認可申請の書類作成	行政書士の業務（東京都は行政書士・弁護士と案内）
医療法人の設立登記	司法書士の業務
健康保険・厚生年金保険、労働保険の手続き	社会保険労務士（グループの社会保険労務士法人みらい）

当事務所は、福祉・医療分野のお客様をご支援しています。一部は顧客紹介のページでご紹介しています。クリニック・医療法人の顧問料は、ご依頼の内容をうかがってご案内します。税務相談は無料です（料金表「その他の業務」）。

よくある質問

Q. 開業医の社会保険診療報酬の特例（概算経費）は、どんな場合に使えますか？

A. 個人で医業・歯科医業を営み、その年の社会保険診療報酬が5,000万円以下で、かつ医業・歯科医業から生ずる事業所得の総収入金額が7,000万円以下の場合に使えます（租税特別措置法第26条）。社会保険診療に係る経費を、社会保険診療報酬の金額の区分に応じて72%から57%の率で計算します。確定申告書への記載が必要で、自由診療の経費は実際の金額で計算します。

Q. クリニックの自由診療に消費税はかかりますか？

A. 健康保険法などによる社会保険医療は非課税ですが、美容整形や差額ベッドの料金、市販の医薬品の販売などは消費税の課税対象です。基準期間の課税売上高が1,000万円以下であれば原則として納税義務は免除されますが、適格請求書発行事業者（インボイス）の登録をしている場合は免除されません。

Q. 東京都で医療法人を設立するには、いつ申請しますか？

A. 東京都の設立認可の申請受付は年2回です。令和8年度第2回は、仮申請の受付が2027年3月11日から3月17日まで、本申請の提出期限が6月30日、認可書の交付は8月下旬の予定です。設立認可申請の書類作成は行政書士の業務で、当事務所は、法人化の税務面の検討、設立後の税務署・都税事務所・市役所への税務の届出と、決算・申告を担当します。

Q. 医療法人の利益を配当として受け取れますか？

A. 受け取れません。医療法第54条で剰余金の配当は禁止されています。東京都は、役員等への貸付や、特定の役員だけが使う社宅・車両なども配当とみなされる例として示しています。理事長などが法人から受け取るのは役員報酬や役員退職金で、役員報酬を損金にするには定期同額給与などの要件を満たす必要があります。

まとめ

個人開業の医師は、社会保険診療報酬5,000万円以下・医業収入7,000万円以下なら概算経費の特例を使えるかを実額と比べ、社会保険診療などは非課税、美容医療などの自由診療は原則として消費税の課税対象（労災・自賠責の対象となる医療や助産は非課税）であることを前提に収支を見ます。医療法人化は税率の差だけでなく、配当の禁止、拠出した財産が法人のものになること、毎年の届出の負担まで含めて判断します。東京都の次の受付は2027年3月の仮申請です。持分あり医療法人は、令和11年12月31日までの認定医療法人制度を使うかを早めに検討してください。